O Border Collie tem uma grande variedade de cores permitida. Preto e branco, tricolor, chocolate, azul, vermelho, azul merle e chocolate merle são as mais comuns. No entanto as combinações são muito diversas e teoricamente há mais de 5000 variações possíveis.

Os Borders têm o que se chama "Irish Spotting" que são as marcações brancas que são normalmente visíveis nas várias cores de cães. O padrão normal tem um colar branco, focinho branco com uma risca que sobe pela cabeça, peito, barriga, patas e ponta da cauda brancas. No entanto o Irish Spotting não é sempre igual, podendo aparecer cães quase sem branco, padrões diferentes na cabeça ou outras partes do corpo.

Há dois tamanhos de pelagem: curta e comprida, ambas com sub-pêlo. As orelhas podem ser erectas, semi-erectas (dobradas só nas pontas ou até quase à base), ou uma de cada.